Uma das principais características do ITBI é que não é cobrado um valor fixo por esse tributo.
Para definir o montante a ser pago é necessário considerar o valor venal (valor de venda) constado na guia de recolhimento do Imposto Predial e Territorial Urbano (IPTU), que se altera de acordo com a cidade, assim como a alíquota do imposto, que também é variável conforme a cidade. Também é possível definir o custo por meio do preço registrado no contrato de compra e venda — a escritura também poderá ser utilizada.
No entanto, devido às cobranças indevidas de algumas prefeituras, o Superior Tribunal de Justiça (STJ) teve um entendimento de que o ITBI deve ser calculado sobre o valor de compra do imóvel, mesmo que ele seja superior ao valor venal informado no IPTU. Assim, a cobrança desse imposto estaria coerente com o valor real do bem.
Todavia, isso não ocorre na prática, uma vez que, ao ficar constatado que o valor venal é superior ao montante da negociação, a maioria das prefeituras utiliza o maior preço como base de cálculo desse tributo. Como essa prática é ilegal, o contribuinte que se sentir prejudicado poderá entrar com um recurso, administrativo ou judicial, para que o ITBI seja calculado de acordo com o entendimento do STJ.